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重磅 | 5min甲基化超快速转化,引领甲基化检测技术前沿 !

2024/4/12 17:00:22 浏览次数:658

DNA甲基检测


DNA甲基化修饰在维持正常细胞功能、基因组结构稳定、遗传印记、胚胎发育、及肿瘤和疾病的发生、发展起关键作用。5mC可以导致基因沉默或基因表达水平降低,而5hmC则会导致基因激活或基因表达水平增高,研究表明肿瘤抑癌基因的过甲基化或原癌基因的低甲基化在多种肿瘤中被发现。因此,分析基因组的甲基化水平具有重要的临床意义。


随着分子检测的不断发展,甲基化qPCR检测以及甲基化NGS检测已成为非常普及的检测技术,这两种技术的必经之路就是甲基化转化,甲基化转化从方法学上可分为亚硫酸氢盐转化和酶法转化,近几年,基于DNA甲基化位点的检测试剂盒陆续获批面世。NMPA批准的甲基化检测试剂盒大部分为荧光PCR法,主要原因在于荧光PCR法操作简便,无需在PCR后电泳,且具有灵敏度高、特异性强、重复性好等特点。这些甲基化检测试剂采用的转化方法为亚硫酸氢盐转化法,亚硫酸氢盐转化成为DNA甲基化检测的“金标准”。但是传统的亚硫酸氢盐转化有很多局限性,例如过长的转化时间、严重的DNA损伤、被高估的5mC水平、C-U转化不完全等。


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图1.亚硫酸氢盐催化C转化为U的化学反应概要


2024年1月2日,芝加哥大学何川教授团队在Nature Biotechnology上在线发表了题为Ultrafast bisulfite sequencing detection of 5‑methylcytosine in DNA and RNA的研究论文,该研究提出并开发了对DNA和RNA上的5-甲基胞嘧啶修饰进行快速,准确检测的测序方法,简称为UBS-seq。该技术比现有的转化反应过程加速20-30倍,同时明显的降低了DNA损伤,以及C-U转化不彻底导致的背景干扰。


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图2.UBS-seq法在微量样本中应用,传统BS转化相比有更低的背景噪音



翌圣生物的Hieff® Superfast DNA Methylation Bisulfite Kit便是基于此技术开发优化而成,可以在98°C 5min条件下可完成>99.5%的胞嘧啶转化,并且极大的降低了DNA损伤,更好的保证了DNA片段的完整性。


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图3.Superfast DNA Methylation Bisulfite的技术原理及优势


产品介绍


Hieff® Superfast DNA Methylation Bisulfite Kit(12225ES)将DNA变性与亚硫酸氢盐转化融合为一步,5分钟内即可完成转化,约30 min可完成BS转化全流程。采用柱内脱硫技术,使操作流程更为简单;可以满足100 pg-2 μg样品的转化;未甲基化胞嘧啶转化为尿嘧啶的转化率≥99%;转化后的产物适用于PCR扩增和DNA测序等下游应用。


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图4.Superfast BS转化实验流程



产品亮点1


优异的转化率


使用12225与竞品A和竞品B转化试剂盒进行头对头对比,转化样本为200 ng和2 μg的FFPE DNA,FFPE DNA中参入1% λ DNA,转化后的样本采用甲基化单链DNA建库(12221ES),如图5所示:12225对不同投入量的FFPE DNA中 λ DNA C的转化率>99.5%。


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图5.12225和竞品的转化率


产品亮点2


优异的回收率


使用12225与竞品B和竞品C转化试剂盒进行头对头对比,300 ng样本为不含甲基化 λ DNA,800ng样本为人基因组DNA,转化后采用Qubit ssDNA定量,洗脱体积均为30 μL,转化后的产物采用甲基化转化特异性引物探针PCR,片段大小为286bp,扩增产物采用琼脂糖凝胶电泳,如图6所示:12225的样本回收率优于竞品B和竞品C,且转化后的甲基化特异性引物扩增效果最优。


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图6.12225和竞品的回收率


产品亮点3


优异的NGS数据质量


使用12225和竞品A转化试剂盒分别对gDNA样本进行转化,转化后使用甲基化单链建库试剂盒(12221ES)建库,文库产量和质控数据如图6所示:12225和竞品A转化后相同的文库pooling测序,12225下机数据量更多,ontarget_ratio(%)更高,Dup(%)更低。


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翌圣生物



翌圣生物科技(上海)股份有限公司是一家聚焦生命科学产业链上游核心原料,从事分子、蛋白和细胞三大品类生物试剂的研发、生产与销售的高新技术企业。核心产品覆盖qPCR系列、NGS系列、逆转录系列、核酸提取与纯化系列、PCR系列、分子克隆系列、体外转录系列、抗体、蛋白纯化系列、蛋白分析系列、重组蛋白、细胞分析系列、细胞培养系列、细胞转染系列、报告基因检测系列等多个品类,广泛应用于生命科学研究、诊断检测和生物医药等领域。



来源: CACLP体外诊断资讯

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